中国药科大学工会成立于1950年2月3日，目前有15个基层工会，会员1800余人。本届工会委员会由21位委员组成，经费审查委员会由5位委员组成。

近年来，中国药科大学工会在校党委和上级工会的领导下，在学校行政和广大教职工的支持下，坚持党的领导，围绕学校中心工作，锐意进取，开拓创新，积极发挥工会在学校深化综合改革、全面依法治校、建设以药学为特色的研究型大学的重要作用，不断拓展工会工作思路、机制、途径和举措，为学校改革和事业发展尽心尽力，认真履行工会维护、参与、建设、教育四项职能，积极开展教职工喜闻乐见的各项活动，努力为教职工办实事、办好事。校工会在建立健全教代会制度、积极参与学校民主管理、民主监督、维护学校整体利益和教职工合法权益、加强教职工队伍建设、推进“教职工之家”建设和“三育人”工作等方面做了大量工作，对学校的稳定和发展做出了重要贡献，充分发挥了党联系教职工群众的桥梁、纽带作用，得到学校领导、上级工会的充分肯定和广大教职工的拥护。

先后荣获省教育科技系统 “先进教工之家”、“模范教职工之家”、“江苏省先进女职工组织”、“在宁高校工会工作先进集体”、“南京市职工互助保险工作先进单位”、 “鼓楼区人口与计划生育工作先进集体”等荣誉称号。2011年被中国教科文卫体工会授予全国教科文卫体系统“模范职工之家”。2021年被评为江苏省教科工会系统示范性教职工“健康驿站”。